Die dritte Staffel von The Rain setzt dort ein, wo die zweite Staffel aufgehört hat. Viele Jahre, nachdem der Regen die Bevölkerung Skandinaviens dezimiert hat, liegt es an Simone (Alba August) und Rasmus (Lucas Lynggaard Tønnesen), die Menschheit zu retten.

Rasmus möchte alle mit der Betaversion des Virus infizieren, die aus ihm einen Supermenschen gemacht hat, Simone ist sich dagegen sicher, dass es ein Heilmittel geben muss. Werden sie in der Lage sein, ihre Differenzen beizulegen und gemeinsam das Richtige tun?