Der Krieg hat Japan auf Null reduziert, und Godzilla hat es ins Minus gestürzt. Zwei Jahre sind seitdem vergangen und das Land kämpft immer noch immer verzweifelt darum, sich wieder zu erholen und endlich in den normalen Alltag zurückzufinden.

Gerade als es der Menschheit gelang, an einem hart erkämpften Frieden festzuhalten, schlägt eine neue Bedrohung zu und vernichtet die Hoffnung im Handumdrehen. Ein drittes Mal wird es nicht geben. Hier endet alles.